L'Assemblea è sovrana e delibera su qualsiasi argomento che interessi l'attività e gli scopi della Federfarma Molise e che non sia di competenza di altri organi statutari. L'Assemblea approva i bilanci, consuntivo e preventivo, ed elegge il Presidente della Federfarma Molise, i componenti del Consiglio di Presidenza, il Collegio dei Revisori dei Conti ed il Collegio dei Probiviri. L'Assemblea, sentito il Consiglio di Presidenza approva Convenzioni e Accordi a carattere Regionale con le varie istituzioni, con il Servizio Sanitario Nazionale e con gli Enti pubblici e privati. L'Assemblea è composta dai Titolari di Farmacia della Regione Molise iscritti alle Associazioni Provinciali.

L'Assemblea del Sunifar è formata da tutti i rappresentanti dei Titolari di Farmacia rurale iscritti alle Associazioni Provinciali di Campobasso e Isernia e delibera sui problemi rurali di interesse regionale, ed elegge, nel proprio ambito, il Presidente del Sunifar e tre componenti rurali del Consiglio di Presidenza.

Il Consiglio di Presidenza è l'organo direttivo della Federfarma Molise e delibera su qualsiasi argomento che non sia di esclusiva competenza degli altri Organi della Federfarma. Il Consiglio di Presidenza è composto dal Presidente della Federfarma, dal Vice Presidente, dal Segretario, dal Tesoriere e da altri quattro Consiglieri eletti dall'Assemblea di Federfarma.

L'attuale Consiglio di Presidenza, eletto il 24 e 25 novembre 2018, è formato da:

Il Collegio dei Revisori dei Conti è eletto dall’Assemblea della Federfarma tra i propri membri ed è composto da sette membri effettivi e da quattro membri supplenti.

Il Collegio dei Revisori dei Conti, per il triennio 2018-2021, è composto da

Il Collegio dei Probiviri è eletto dall’Assemblea della Federfarma tra i propri membri ed è composto da sei membri effettivi.

Il Collegio dei Probiviri, per il triennio 2018-2021, è composto da

Parte integrante di Federfarma è il Sunifar, il Sindacato Unitario dei Farmacisti rurali.

L’attività del Sunifar è diretta alla soluzione di problemi che riguardano in particolare la farmacia rurale, quale ad esempio questioni di orari, turni e ferie, l’indennità di residenza, la distribuzione del farmaco veterinario, la guardia farmaceutica, la gestione del Fondo Rurale. Si può dire che non esista più centro abitato o frazione che non veda la presenza di un farmacista rurale, molto spesso unico punto di riferimento per il cittadino bisognoso di assistenza sanitaria.

Il Consiglio del Sunifar delibera sui problemi rurali di interesse regionale. È composto dai rappresentanti rurali eletti dall'Assemblea dei farmacisti rurali.

Il nuovo Consiglio del Sunifar per il triennio 2018 - 2021 è così composto: